中小企业担保公司是缓解当前中小企业融资难的重要补充手段，但在发展道路上有一系列问题需要明确和解决。
首先，是否应以地方政府为主导发展中小企业担保体系。当前，在中小企业担保公司组建过程中，对于地方政府是否应起主导作用争议较大。实际上，最初的担保公司几乎都是由地方政府出资或控股的，但在经营过程中有些地方政府过度不当干预，致使中小企业担保公司亏损倒闭的现象时有发生。
其次，经营坏账控制在什么水平才合理。要知道风险是不可避免地，而担保行业实际上就是一个风险管理的行业。那么我们是否应该苛求担保公司没有坏账呢？坏账控制在多少才是合理和可接受的呢？这都需要科学细致的论证。
再次，担保公司的利润空间如何设定。依据《中小企业融资担保机构风险管理暂行办法》规定，中小企业担保公司收取担保费可根据项目的风险程度实行浮动费率，一般控制在银行同期贷款利率的50%以内。所以如果政府为了减轻中小企业的负担而实行低费率，就应该给予担保公司补贴， 否则担保公司自身难以保持健康、持续的发展。
最后，关于担保公司的业务空间问题。这个主要从反担保条件和担保业务品种两方面来研究，如果担保公司要求中小企业提供足额反担保的话，业务范围将会很小，公司发展空间会越来越小；反之，业务空间虽然很大，但风险也会急剧升高。事实上，有些中小企业担保公司由于难以找到符合反担保条件的受保企业，已经进退两难了。
