现代企业管理效益审计方法，是指审计机构对现代企业经济活动特别是企业管理活动的效率性、效果性和经济性进行检查、评价，并提出改进意见的审计方法。近几年很多企业进行尝试，但还存在问题，那应当如何正确运用企业管理效益审计方法呢？
优化运用企业管理效益审计方法的环境。一般来说，现在企业管理效益审计方法，是企业现代管理实践的产物，离开了企业的现代化以及企业管理的现代化这个环境，企业管理效益审计方法就难有用武之地。为此，必须在努力发展现代生产力构建现代企业制度的过程中，进一步优化其运用现代企业管理效益审计方法，开展企业效益审计的环境。
目前很多企业公司治理结构不完善，出资者缺位现象普遍，内部人控制问题较为严重。这种情况下下，很多公司董事会成员与企业管理层的高度重叠往往会影响甚至操纵管理效益审计的工作。这需要公司进一步完善公司治理结构。
另外，需要进一步建设资源共享的审计信息系统。在运用现代审计方法开展管理效益审计中，审计人员要在风险评估阶段理解审计单位的情况。很多公司因为会计信息严重失真，公司治理和内部控制不完善阻碍了管理效益审计的实施。
此外，还应当加强审计队伍建设，使之适应运用企业管理效益审计方法开发其审计的需要。
