我国的零担物流公司发展迅速，近几年来都呈现较高程度的增长，发展前景可观，但是目前的零担物流公司还存在不少问题急需解决。
首先，零担物流公司行业理论缺乏。在理论上人们对零担货物运输是缺乏系统研究的。对零担货物运输的内在规律缺乏系统的理性认识，使大多数中小型零担物流公司难以摆脱粗放式经营，目前大多数中小型零担物流公司均无系统成型并以书面形式制订的规章制度或作业要求就是一个最好的说明。行业理论的缺位，致使各中小型零担物流公司缺乏对企业整体操作流程的有效设计，抗风险能力差，企业发展后劲不足，因而企业难以迈入正常运营轨道，经营管理结构也难以升级换代。
其次，零担物流公司实用性管理人才极度匮乏。中小型零担物流公司从业人员本身文化素质不高，不仅一线操作人员的文化素质偏低，而且各级管理人员文化素质不高也是不争的事实。同时零担货运行业属于劳动密集型行业，且劳动强度相对较大，本身对高素质人才吸引力不强。更糟糕的是由于社会本身对零担货运行业重视不够，这样也就导致了零担物流公司实用型管理人才的极度匮乏，而严重的制约了零担货运企业的可持续发展和升级换代。
再次，盲目的非理性的竞争。就零担货物运输市场整体来说，也是竞争大于合作。而且主要是盲目的、无序的、非理性的及低价格竞争。
除上述问题外，大部分中小型零担物流公司还面临着管理过程粗放，管理方式落后，设施不完善，运输装载设备水准低等问题，需要加以解决。
