食品体系认证的最大优点就在于它是一种系统性强、结构严谨、适用性强而效益显著的以预防为主的质量保证方法。建立和有效运行食品安全体系能向全社会表明组织重视食品的安全、卫生，并采取了积极有效的控制手段。
首先，企业实行食品认证体系在问题出现之前就可采取纠正措施，因而是积极主动的控制。通过易于监视的特性，如时间、温度和外观实施控制。监控方法简单、操作性强、快速。只要有问题发生就能及时采取纠正措施，迅速进行控制。其次，食品体系认证与依靠化学分析微生物检验进行控制相比，费用低廉，由直接专注于食品加工的人员控制生产操作。再次，由于控制集中于生产操作的关键点，就可以对每批产品采取更多的保证措施。最后，食品体系认证能用于潜在危害的预告。食品安全体系涉及到与产品安全性有关的各层次的职工。
食品体系认证费用基本是以完成审核所需的人数与每人日收费标准相乘得到的，而认证所需人数是根据组织的规模、从业人数为计算基数来计算的，同时考虑产品的种类、产品安全风险的高低以及组织的实际运作方式等因素进行适当的增减。组织需提供有关情况的详细说明后，食品体系认证机构才能进行准确报价。
食品体系认证适用于所有在食品链中期望建立和实施有效的食品安全管理体系的组织，这包括直接介入食品链中一个或多个环节的组织以及间接介入食品链的组织。
